L’île de Margarita est une destination idéale pour les amateurs d'ornithologie. L’île est en effet le royaume des oiseaux. Plus de 300 espèces y cohabitent, dont certaines sont facilement observables comme le pélican brun, la frégate superbe ou encore le vautour, visible sur les plages avant le coucher du soleil. Au détour d’un chemin, vous ne serez pas surpris de croiser des iguanes verts, très nombreux sur l’île.